Eingangs muss erwähnt werden, dass die Organisation der Bundesverwaltung aus drei Ebenen besteht, und zwar aus der Bundesebene sowie aus der Landesebene und aus der Bezirksebene. Hierbei muss jedoch beachtet werden, dass der Behördenaufbau in einigen Bereichen der unmittelbaren Bundesverwaltung nur zweistufig ist und unterhalb der Bundesebene bzw. ministeriellen Eben nur mehr eine weitere Ebene aufweist. Mit den obersten Verwaltungsgeschäften des Bundes sind, soweit diese nicht dem Bundespräsidenten übertragen sind, der Bundeskanzler sowie der Vizekanzler und die Bundesminister betraut, die in ihrer Gesamtheit die Bundesregierung bilden. Daraus kann somit entnommen werden, dass es für die Bundesverwaltung nicht nur ein oberstes Organ gibt, sondern eher drei, und zwar den Bundespräsidenten sowie die Bundesregierung als Kollegialorgan und die einzelnen Mitglieder der Bundesregierung. Daher sind oberste Verwaltungsgeschäfte des Bundes einerseits alle Aufgaben, die von Verfassungswegen dem Bundespräsidenten bzw. der Bundesregierung oder einem ihrer Mitglieder zugewiesen sind, und andererseits alle sonstigen hoheitlichen und nichthoheitlichen Verwaltungsaufgaben des Bundes, die nicht von Gesetzeswegen einem nachgeordneten Organ zukommt.
In diesem Zusammenhang muss beachtet werden, dass oberste Organe der Verwaltung den nachgeordneten Organen gegenüber leitungsbefugt und weisungsbefugt sind. Oberste Organe dürfen aber bei ihren Entscheidungen wiederum nicht an den Willen anderer Stellen gebunden werde. Es ist erwähnenswert, dass Staatssekretäre keine obersten Organe der Bundesverwaltung sind. Staatssekretäre sind nämlich dem Mitglied der Bundesregierung unterstellt, dem sie beigegeben sind, wobei sie jedoch auch an dessen Weisungen gebunden sind. Dies gilt jedoch auch dann, wenn der Bundesminister den Staatssekretär mit der Besorgung bestimmter Aufgaben betraut. In solch einen Fall ist der Staatssekretär nämlich berechtigt, nachgeordneten Organen Weisungen zu erteilen.
Es ist erwähnenswert, dass die Aufgaben des Bundespräsidenten nur einen geringen Bezug zur Verwaltung aufweist, obwohl er ein oberstes Verwaltungsorgan ist. Den Bundespräsidenten ist die Präsidentschaftskanzlei, unter der Leitung des Kabinettsdirektors beigegeben, und zwar als Geschäftsapparat bei der Wahrnehmung seiner Aufgaben. Auch die Bundesregierung muss beachtet werden. Diese besteht aus dem Bundeskanzler, dem Vizekanzler und den übrigen Bundesministern. Daher ist die Bundesregierung ein Kollegialorgan. Die Aufgaben der Bundesregierung sind insbesondere das Setzen von Regierungsakten, vor allem bei der Vorlage von Gesetzesentwürfen an den Nationalrat, und im Erlassen politisch bedeutsamer Verordnungen. Außerdem ist die Bundesregierung dann beschlussfähig, wenn mehr als die Hälfte der Mitglieder anwesend ist. Es muss beachtet werden, dass die einzelnen Bundesminister neben dem Kollegialorgan Bundesregierung, deren Mitglieder sie sind, auch als Einzelorgane in gleichrangiger Funktion mit obersten Verwaltungsgeschäften des Bundes betraut sind. Daher werden die Geschäfte der obersten Bundesverwaltung, wenn sie nicht dem Bundespräsidenten zugewiesen sind, entweder von der Bundesregierung als Kollegium oder von den Bundesministern als Einzelorganen besorgt.
Durch die Verteilung der Zuständigkeiten zwischen der Bundesregierung als Kollegium und deren Mitgliedern, also den Bundesminister, als Einzelorgan werden die betreffenden Organwalter somit in doppelter Funktion tätig. Sie werden nämlich einerseits als Mitglieder des Kollegialorgans Bundesregierung und andererseits als monokratische Organe tätig. Außerdem sind die Mitglieder der Bundesregierung einander rechtlich gleichgeordnet. Aus diesem Grund hat auch der Bundeskanzler gegenüber den anderen Mitgliedern der Bundesregierung kein Weisungsrecht. In diesem Zusammenhang muss beachtet werden, dass die Bundesministerien und die ihnen unterstellten Ämter zur Besorgung der Geschäfte der Bundesverwaltung berufen sind. Dennoch sind die Bundesministerien keine Einrichtungen mit selbständiger Entscheidungsbefugnis, sondern Hilfsorgane der Bundesminister. Außerdem steht jedes Bundesministerium unter der Leitung eines Bundesministers, wobei das Bundeskanzleramt wiederum unter der Leitung des Bundeskanzlers steht.
Es ist ebenso erwähnenswert, dass die innere Organisation der Bundesministerien aus der Geschäftseinteilung und aus der Geschäftsordnung besteht. Hierbei muss beachtet werden, dass sich die Bundesministerien in Sektionen und diese wieder in Abteilungen gliedern. Außerdem sind alle zum Wirkungsbereich eines Bundesministeriums gehörenden Geschäfte auf die einzelnen Sektionen und Abteilungen aufzuteilen. Dabei muss jedoch darauf geachtet werden, dass immer nur eine einzige Sektion und eine einzige Abteilung zur Besorgung von sachlich zusammengehörigen Geschäften führend zuständig ist. Weiters können mehrere Abteilungen zu einer Gruppe zusammengefasst werden und die Abteilungen wiederum in Referate untergliedert werden. Außerdem kann jeder Bundesminister zur Vorbereitung und Vorberatung von Geschäften, aus dem Wirkungsbereich des Bundesministeriums, das von ihm geleitet wird, Kommissionen bzw. Beiräte einrichten. Vor der Heranziehung von Bediensteten anderer Bundesministerien ist jedoch das Einvernehmen des betreffenden Bundesministers notwendig.
Die Geschäftsordnung legt fest, dass der Bundesminister mit der Leitung der Sektionen sowie Gruppen und Abteilungen geeignete Bedienstete zu betrauen hat und ihre Vertretung bei Verhinderung zu regeln hat. Der Bundesminister kann diesen leitenden Bediensteten sowie auch anderen geeigneten Bediensteten bestimmte Gruppen von Angelegenheiten zur selbständigen Behandlung übertragen, wenn dies zur raschen und zweckmäßigen Geschäftsbehandlung geeignet ist. In solch einen Fall hat der betreffende Bedienstete sodann diese Angelegenheiten zu erledigen und Geschäftsstücke in Namen des Bundesministers zu unterfertigen. Davon wird jedoch das Weisungsrecht der vorgesetzten Organe, wie etwa des Bundesministers, nicht berührt. Außerdem ist der Bundesminister ebenso berechtigt, gewisse Angelegenheiten, zu deren selbständigen Behandlung ein leitender oder sonstiger Bediensteter ermächtigt wurde, wieder an sich zu ziehen oder sich die Genehmigung vorzubehalten.
Es muss beachtet werden, dass die Bundesministerien im Rahmen ihres Wirkungsbereiches insbesondere an der Besorgung der Geschäfte anderer Bundesorgane und Landesorgane mitzuwirken haben sowie die Bundesregierung bei der Besorgung ihrer Aufgaben zu unterstützen haben. Außerdem haben die Bundesministerien im Rahmen der Dienstaufsicht für eine gesetzmäßige sowie wirtschaftliche und sparsame Geschäftsführung der nachgeordneten Einrichtungen und Bundeseinrichtungen zu sorgen. Es ist erwähnenswert, dass die Aufgaben der Bundesverwaltung unterhalb der Bundesregierungsebene bzw. der Bundesministerebene entweder durch eigene Organe des Bundes oder durch Organe der Länder wahrgenommen werden. Für die Hoheitsverwaltung des Bundes gilt der Grundsatz der mittelbaren Bundesverwaltung, weshalb in deren Rahmen Aufgaben der Bundesverwaltung vom Landeshauptmann und von den ihm unterstellten Landesbehörden, also von Landesorganen, besorgt werden.
Der Bund darf sich nur in den bundesverfassungsgesetzlich bestimmten Angelegenheiten bundeseigener Behörden bedienen, was wiederum eine unmittelbare Bundesverwaltung darstellt. Für die Privatwirtschaftsverwaltung gilt jedoch grundsätzlich, dass der Bund diese Aufgaben durch bundeseigene Organe besorgt, wobei solche Angelegenheiten aber auch auf den Landeshauptmann und auf die ihm unterstellten Landesbehörden übertragen werden können; dies wird als Auftragsverwaltung bezeichnet.