Aus dem Behandlungsvertrag ergeben sich eine Reihe von Rechte und Pflichten. Die Pflichten werden in Hauptpflichten und Nebenpflichten unterteilt. Bei den Hauptpflichten sind die ärztlichen Hauptpflichten zu nennen. Die Hauptpflichten bestehen auf jeden Fall in der sachgemäßen medizinischen Behandlung. Außerdem sind Ärzte verpflichtet persönlich eine Anamnese zu erheben, Patienten ordnungsgemäß zu untersuchen und Patienten an einen Facharzt oder in stationäre Behandlung zu überweisen, wenn nötig. Nebenpflichten aus dem Behandlungsvertrag sind z.B. auf ärztlicher Seite das Erstellen einer Dokumentation des gesamten Behandlungsverlaufs, die Medikation und den Patienten gegenüber das Gewähren des Einsichtsrechts in deren Krankenunterlagen.
Außerdem sind Krankenanstalten verpflichtet Krankengeschichten anzulegen, in denen die Vorgeschichte der Erkrankung, der Zustand des Patienten zur Zeit der Aufnahme, der Krankheitsverlauf, die angeordneten Maßnahmen sowie die erbrachten ärztlichen Leistungen samt Medikation, die Aufklärung des Patienten sowie sonstige angeordnete und erbrachte wesentliche Leistungen dargestellt werden. Eine sehr wesentliche ärztliche Nebenpflicht ist die Verschwiegenheitspflicht. Jedoch können Ärzte, Pflegepersonal oder Psychotherapeuten unter Umständen gerichtlich von der Verschwiegenheitspflicht entbunden werden. Wenn sie von der Verschwiegenheitspflicht gerichtlich gültig entbunden werden, sind sie verpflichtet vor Gericht als Zeuge auszusagen.
Kassenpatienten wiederum haben die Pflicht die Chipcard zur Behandlung mitzubringen, um sich dadurch gegenüber dem Vertragsarzt zu legitimieren und ihm die Abrechnung mit dem Krankenversicherungsträger zu ermöglichen. Patienten haben ebenso eine Mitwirkungspflicht, was bedeutet, dass sie verpflichtet sind notwendige ärztliche Maßnahmen zu unterstützen sowie ärztliche Hinweise zu befolgen. Außerdem hat der Patient neben sein Einsichtsrecht in Behandlungsunterlagen auch das Recht auf Herausgabe der Behandlungsunterlagen, wie z.B. Röntgenbilder oder Befunde. Die ärztliche Dokumentationspflicht hat den Zweck der Therapiesicherung, der Beweissicherung und der Rechenschaftslegung. Zu beachten ist, dass Behandlungsaufzeichnungen sowie sonstige Unterlagen, die der Dokumentation dienlich sind, mindestens zehn Jahre aufbewahrt werden müssen. Jedoch wird häufig verlangt Krankengeschichten und Röntgenbilder dreißig Jahre und Ambulanzaufzeichnungen wiederum mindestens zehn Jahre aufzubewahren. Es ist erwähnenswert, dass die Krankenanstalt bzw. der Arzt den Behandlungsvertrag sogar lösen kann und somit von der Behandlung zurücktreten.
Immer zu berücksichtigen ist, dass Ärzte und ihre Hilfspersonen zwar grundsätzlich zur Verschwiegen über alle ihnen in Ausübung ihres Berufes anvertrauten oder bekannt gewordenen Geheimnisse verpflichtet sind, aber beim Auftreten ansteckender Krankheiten besteht eine Anzeigepflicht und Meldepflicht. Es besteht jedoch auch dann keine Verschwiegenheitspflicht, wenn ärztliche Mitteilungen oder Befunde an Sozialversicherungsträger, Krankenfürsorgeanstalten oder sonstige Kostenträger übermittelt werden oder wenn der Patient den Arzt von seiner Verschwiegenheitspflicht entbindet bzw. wenn die Bekanntgabe eines Geheimnisses zum Schutz höherwertiger Interessen der öffentlichen Gesundheitspflege bzw. Rechtspflege unbedingt erforderlich ist.