Eingangs muss beachtet werden, dass unter Umgründungen gewisse Änderungen im Bereich eines Unternehmen selbst bei deren Fortbestand zu verstehen ist. Umgründungen sind beispielsweise etwa Umwandlungen von Kapitalgesellschaften in Personenunternehmen, Verschmelzungen, der Zusammenschluss zu Personengesellschaften, die Einbringungen von Betrieben in Kapitalgesellschaften sowie die Teilung von Personengesellschaften oder die Spaltung von Kapitalgesellschaften.
Außerdem führen Umgründungen regelmäßig wegen der Anwendung des Tauschgrundsatzes oder der Anwendung der Liquidationsvorschriften zum Gewinnausweis, also zur Versteuerung stiller Reserven. Nach dem Tauschgrundsatz liegen nämlich beim Tausch von Wirtschaftsgütern eine Anschaffung und eine Veräußerung vor. Dabei ist zu beachten, dass der Veräußerungspreis der gemeine Wert des gegebenen Wirtschaftsgutes ist und dass dieser zugleich die Anschaffungskosten des erworbenen Wirtschaftsgutes bildet. Außerdem gilt die Einlage oder die Einbringung von Wirtschaftsgütern in eine Körperschaft als Tausch.
Beispiel: Der Einzelunternehmer Herr Bauer bringt ein Betrieb, mit einem Buchwert des Reinvermögens in Höhe von Euro 200.000,- und mit einem gemeinen Wert inklusive Firmenwert in Höhe von Euro 350.000,-, in die Kapitalgesellschaft des Herrn Bayer als Sacheinlage ein. Aus der Sicht des Herrn Bauer liegt eine Betriebsveräußerung vor, wobei die Differenz zwischen gemeinen Wert und Buchwert, also somit Euro 150.000,- steuerpflichtiger Veräußerungsgewinn ist, wobei jedoch allfällige Begünstigungen in Anspruch genommen werden können. Zudem sind die erworbenen Gesellschaftsrechte mit Euro 350.000,- zu bewerten. Aus der Sicht des Herrn Bayer wurde Vermögen um Euro 350.000,- erworben, wobei jedoch keine Investitiongsbegünstigungen zustehen, weil ein gesamter Betrieb angeschafft wurde. Herr Bauer wiederum hat als Anschaffungskosten der Kapitalanteile den Betrag in Höhe von Euro 350.000,- anzusetzen.
Sollten jedoch die Liquidationsgrundsätze für die Umgründungen zur Anwendung kommen, gilt nämlich, dass bei der Auflösung und bei der Abwicklung einer Kapitalgesellschaft ein Liquidationsgewinn zu ermitteln ist und der Besteuerung zugrunde zu legen ist. In diesem Zusammenhang muss beachtet werden, dass sich der Liquidationsgewinn als Differenz zwischen dem Wert der für die Vermögensübertragung gewährten Gegenleistung oder zwischen dem Teilwert des übertragenen Vermögens und dem Abwicklungsanfangsvermögens ergibt.
Außerdem muss der Gewinn sodann der Körperschaftsteuer unterworfen werden. Zudem ist der Liquidationsüberschuss für die Gesellschafter, die den Anteil im Privatvermögen halten, steuerpflichtig. Der Liquidationsüberschuss ist die Differenz zwischen dem Wert der Gegenleistung oder zwischen dem Teilwert des übertragenen Vermögens und den Anschaffungskosten der Anteile. Sollten die Gesellschafter aber die Anteile an einer Kapitalgesellschaft im Betriebsvermögen halten, so führt die Liquidation zu einer Besteuerung der Differenz zwischen dem Wert der Gegenleistung oder zwischen dem Teilwert des übertragenen Vermögens und dem Buchwert der Beteiligung.
Außerdem ist es erwähnenswert, dass eine Steuerpflicht ebenso dann besteht, wenn es anlässlich von Umgründungen zum Tausch von Anteilen im Privatvermögen kommt und wenn der Anteil dabei mehr als zehn Prozent beträgt, wie beispielsweise etwa bei der Einbringung eines fünfzehnprozentigen Kapitalanteiles gegen Gewährung von Anteilen an der übernehmenden Kapitalgesellschaft. In solch einen Fall ist nämlich die Differenz zwischen dem gemeinen Wert und den Anschaffungskosten der bisherigen Beteiligung steuerpflichtig. Zudem muss beachtet werden, dass Verlustvorträge des übertragenden Unternehmens jedoch nicht auf den Nachfolger übergehen. Außer natürlich bei Betriebsübertragungen durch Gesamtrechtsnachfolge wie etwa Verschmelzung bzw. Umwandlung oder Spaltung; denn hierbei gehen Verlustvorträge des übertragenden Unternehmens sehr wohl auf den Nachfolger über.
Umgründungen lösen grundsätzlich keine Besteuerung der stillen Reserven aus, wenn deren Steuerhängigkeit weiterhin gesichert ist. Daher unterbleibt beim übertragenden Unternehmen der Gewinnausweis, wobei der Übernehmer jedoch die Buchwerte des Übertragenden fortzuführen hat. Hierbei kommt es weder zu einer Besteuerung eines Veräußerungsgewinnes oder zur Besteuerung des Liquidationsgewinnes noch zu einer steuerpflichtigen Aufwertung des Vermögens, was wiederum zur Folge hat, dass eine ertragsteuerliche Neutralität gilt. Ausnahmsweise ist jedoch in bestimmten Fällen ein Zwang zum Gewinnausweis, also zur Versteuerung der stillen Reserven, und zur Aufwertung etwa dann vorgesehen, wenn die Steuerhängigkeit der stillen Reserven in den Gesellschaftsanteilen, die für die Einbringung gewährt wurden, nicht gewährleistet ist bzw. wenn es beim Zusammenschluss oder bei der Realteilung von Personengesellschaften zu einer endgültigen Verschiebung von Steuerbelastungen kommt.
In diesem Zusammenhang sollte ebenso der Grundsatz der Steuerneutralität von Buchgewinnen und Buchverlusten berücksichtigt werden. Wenn aufgrund von Umgründungsvorgängen in der Bilanz der übernehmenden Körperschaft des Übernehmenden rechnerische Differenzen auftreten, weil der Buchwert des übertragenen Reinvermögens vom Buchwert der gewährten Gegenleistung abweicht, wird von Buchgewinnen oder von Buchverlusten gesprochen.
Zudem sollte auch der Grundsatz der objektbezogenen Verlustvortragsverwertung beachtet werden, welcher besagt, dass vortragsfähige Verluste, die einem Vermögen zuzurechnen sind, das von Umgründungsmaßnahmen betroffen sind, und noch nicht verwertet werden konnten, daher mit dem übertragenen Vermögen auf den Übernehmen übergehen. Sollte aber die Voraussetzungen für den Übergang des Verlustabzuges nicht gegeben sein, kann der Übertragende den Verlustabzug selbst geltend machen.
Außerdem ist für eigene Verluste des Übernehmenden ein Verlustabzug nach Umgründung, also beispielsweise nach Verschmelzung oder Einbringung, nur dann möglich, wenn die verlustverursachenden Vermögensteile im Zeitpunkt der Umgründung noch vorhanden sind sowie wirtschaftlich mit dem ursprünglichen Vermögen vergleichbar sind. Darunter ist zu verstehen, dass eigene Verlustvorträge, die ohne Umgründungsmaßnahmen auch in Zukunft abzugsfähig gewesen wären, somit im Falle einer Umgründung nicht mehr abzugsfähig sind, wenn der verlustverursachende Vermögensteil nicht oder nicht mehr in vergleichbarem Umfang vorhanden ist.