Je nach Art des Deliktes oder Höhe der Schadenssumme sind entweder die Finanzbehörden oder das Gericht zuständig. Bei den Finanzbehörden kann wiederum ein Einzelbeamter oder Spruchsenat zuständig sein. Finanzvergehen sind von Amts wegen zu verfolgen; das heißt, dass die Finanzstrafbehörde von selbst Nachforschungen aufnehmen kann. Ein Antrag eines Klägers ist nicht erforderlich. Dabei hat die Finanzstrafbehörde alle Beweise aufzunehmen, die sie zur Erforschung der Wahrheit benötigt und für erforderlich erhält. Dabei gilt jedoch die sogenannte Unschuldsvermutung, was wiederum bedeutet, das solange kein gesetzlicher Nachweis des Finanzvergehens erbracht wird, der Verdächtige als unschuldig gilt. Dem Beschuldigten ist von der Finanzbehörde Gelegenheit zu geben, ihre Rechte und rechtlichen Interessen geltend zu machen, wie zum Beispiel, dass der Verdächtige von der Einleitung eines Verfahrens benachrichtigt wird, dem Beschuldigten Akteneinsicht gewährt wird oder an Beweisaufnahmen mitwirken kann.
Grundsätzlich ist in erster Instanz jenes Finanzamt zuständig, das für die Entrichtung der Abgabe verantwortlich ist. Des Weiteren können die Zollämter zuständig sein, wenn es sich um Ein-, Aus- oder Durchfuhr von Waren oder sonstige Bereiche, für diese sie zuständig sind, handelt. Dabei ist immer jenes Zoll- oder Finanzamt zuständig, in dessen Sprengel das Finanzvergehen begangen oder entdeckt wurde. Bei den Finanz- und Zollämter ist in der Regel ein Einzelbeamter für die Ahndung von Finanzvergehen verantwortlich. Es kann aber auch ein Spruchsenat zuständig sein, wenn das Zollvergehen Euro 15.000.- oder Finanzvergehen Euro 33.000,- übersteigt. Weiters kann vom Beschuldigten auch beantragt werden, dass anstelle eines Einzelbeamten ein Spruchsenat für ein Finanzvergehen zuständig ist. Zuallererst müssen aber die zuständigen Behörden die Lage prüfen und entscheiden, ob Verdachtsmomente bestehen und eine Verfolgung überhaupt nötig ist. Wenn sie zu dem Ergebnis kommen, dass dies der Fall ist, werden sie ein Finanzstrafverfahren einleiten.
Wenn der Sachverhalt für das Finanz- oder Zollamt ausreichend geklärt ist und der Beschuldigte die Möglichkeit hatte sich zu äußern, kann auch ein einfaches Verfahren eingeleitet werden. Dabei kommt es zu keiner mündlichen Verhandlung, sodass der Einzelbeamte gleich eine Strafverfügung erlassen kann. Gegen diesen kann der Verurteilte dann einen schriftlichen Einspruch erheben. Danach wird die Strafverfügung außer Kraft gesetzt und ein normales Verfahren, also mit einer mündlichen Verhandlung, wird in Gang gesetzt. In zweiter Instanz, also über Berufungen und Beschwerden, entscheidet der Unabhängige Finanzsenat. Dieses kann innerhalb eines Monats ab Erhalt der Entscheidung eingebracht werden. Wichtig ist dabei, die Frist zu wahren. Ein weiteres oder ein anderes Rechtsmittel gibt es im Finanzverfahren nicht. Es besteht allerdings noch die Möglichkeit eine Beschwerde an den Verwaltungsgerichtshof oder an den Verfassungsgerichtshof zu stellen.
Bei Finanzvergehen, die eine Summe von Euro 100.000,- übersteigen, ist das Landesgericht für Strafsachen zuständig und nicht mehr das Finanz- oder Zollamt. Für gerichtlich strafbare Finanzvergehen kommt die Strafprozessordnung, abgekürzt StPO, zur Anwendung. In den Fällen des Schmuggels, Hinterziehung von Eingangs- oder Ausgangsabgaben und der vorsätzlichen Abgabenhehlerei bei einem Wertbetrag ab Euro 50.000,- fällt dies bereits in die Zuständigkeit des Landesgerichts für Strafsachen. Gegen ein Urteil des Landesgerichtes kann eine Berufung an das Oberlandesgericht erhoben werden. Außerdem müssen sämtliche Behörden oder Ämter von Gemeinden, Länder oder Bund, wenn sie von Finanzvergehen Kenntnis erlangen, dies an die zuständige Behörde, das Finanz- oder Zollamt weiterleiten, damit es von diesen weiterverfolgt wird. Auch alle Gebietskrankenkassen und das Arbeitsmarktservice sind dazu verpflichtet.