Ein Vorstand kann bei der Genossenschaft aus einem oder mehreren Mitgliedern bestehen, die aus dem Kreis der Genossenschafter zu auszuwählen sind. Die Generalversammlung ist zuständig für die Bestellung, doch ist dies keine ausdrückliche gesetzliche Bestimmung. Ebenfalls ist im Genossenschaftsvertrag festzulegen, welches Organ den schuldrechtlichen Vertrag mit dem Vorstandsmitglied abzuschließen hat, welcher aber häufig der Aufsichtsrat ist. Zeitlich begrenzt ist die Funktionsdauer jedoch nicht und die Bestellung ist auch jederzeit widerrufbar. Ins Firmenbuch anzumelden sind dann die Vorstandsmitglieder und die Art ihrer Vertretungsbefugnis.
Die Geschäftsführung und die gerichtliche und außergerichtliche Vertretung der Genossenschaft obliegen dem Vorstand. Wenn nicht anderes vereinbart wurde im Genossenschaftsvertrag besteht Gesamtgeschäftsführung und auch Gesamtvertretungsbefugnis, wobei für die passive Vertretungsbefugnis ein Vorstandsmitglied reicht. Den Weisungen der Generalsversammlung ist der Vorstand unterworfen, jedoch kann die Vertretungsbefugnis von dieser nicht nach außen wirksam beschränkt werden.
Außerdem sieht das Gesetz die Möglichkeit der Zuweisung von Angelegenheiten der Geschäftsführung an andere Person als Vorstandsmitglieder vor. Werden auch hier Vertretungsbefugnisse eingeräumt, so ist unbedingt eine Vollmachtserteilung notwendig. Der Genossenschaft haften die Vorstandsmitglieder unbeschränkt bei einer Verletzung der Grenzen ihres Auftrages oder bei Gesetzesverletzungen sowie Genossenschaftsvertragsverletzungen. Der Maßstab der Haftung ist die Sorgfalt eines ordentlichen Geschäftsmannes.
Von der Genossenschaft ist ein Aufsichtsrat zu bestellen, wenn sie dauernd mindestens vierzig Arbeitnehmer beschäftigt, und in diesem Fall sind ähnlich wie auch bei der Aktiengesellschaft auch Arbeitnehmervertreter im Aufsichtsrat verpflichtend. Die Mindestanzahl der Aufsichtsratsmitglieder ist drei und auch diese sind durch die Generalversammlung aus dem Kreis der Genossenschafter zu wählen. Auch kann ein fakultativer Aufsichtsrat gewählt werden, wenn die verpflichtenden Situationen nicht vorliegen, also die Einstellung eines freiwillig gewählten Aufsichtsrates. Dem Aufsichtsrat obliegt die Überwachung der Geschäftsführung der gesagten Genossenschaft, und die Prokura darf auch nur mit Zustimmung seinerseits erteilt werden. Auch die Zustimmung zu bestimmten Geschäften kann ihm durch eine Klausel im Genossenschaftsvetrag vorbehalten werden. Daneben hat der Aufsichtsrat den Rechnungsabschluss zu prüfen und darüber auch der Generalsversammlung Bericht erstatten.
Zudem ist der Aufsichtsrat ermächtigt, die verschiedenen Vorstandsmitglieder von ihren jeweiligen Befugnissen vorläufig zu entbinden und der Aufsichtsrat kann auch gegen die Mitglieder des Vorstandes Prozesse führen. Aufgrund einer fehlenden Bestimmung im Genossenschaftsgesetz wird für die Haftung der Aufsichtsratsmitglieder das Aktiengesetz sinngemäß angewendet.
Das höchste Organ der Genossenschaft ist die Generalsversammlung, denn diese kann dem Vorstand bindende Weisungen erteilen und damit auch in Fragen der Geschäftsführung eingreifen. Auch können bereits im Genossenschaftsvertrag Zustimmungsbefugnisse für bestimmte Geschäfte vorgesehen sein. Auch kann der Genossenschaftsvertrag bei Genossenschaften mit mindestens fünfhundert Mitgliedern vorsehen, dass die Generalsversammlung aus externen Beauftragten bestehen soll. Zur Einberufung der Generalversammlung sind der Vorstand, der Aufsichtsrat sowie andere in Statut bestimmte Personen berechtigt. Bei einer Minderheit von zehn Prozent, nicht zehn aber Stimmen, kann die Einberufung schriftlich mit der Angabe von Gründen und dem Zweck verlangt werden. Erfolgt danach die Eiberufung nicht, so kann der Vorstand mit der Androhung von Zwangsstrafen dazu gezwungen werden.
Beschlussfähig ist die Generalversammlung dann, wenn mindestens zehn Prozent der Mitglieder anwesend oder vertreten sind. Jedes der Mitglieder ist zur Teilnahme berechtigt und hat dem Gesetz nach eine Stimme. Das Stimmrecht kann außer nach Köpfen auch anderes ausgestaltet sein, wie etwa von der Höhe der Geschäftsanteile oder der darauf geleisteten Einlage abhängig gemacht werden. Mangels anderer Bestimmungen im Genossenschaftsvertrag werden die Beschlüsse mit eine absoluten Mehrheit gefasst, also einer Mehrheit von mehr als fünfzig Prozent. Eine Zweidrittelmehrheit ist nur für Änderungen des Genossenschaftsvertrages, für die Auflösung der Genossenschaft als auch für eine Umwandlung der Haftungsart oder einer Herabsetzung der Haftung oder der Geschäftsanteile vorgesehen. Die gefassten Beschlüsse sind dann in ein Protokollbuch einzutragen.
Nach den ersten acht Monaten eines Geschäftsjahres hat die Generalversammlung über den Abschluss, den Bericht des Vorstandes, die Ergebnisverwendung sowie über die Entlastung von Vorstand und Aufsichtsrat zu beschließen. Bei Beschlüssen bezüglich der Erhöhung der Haftung oder des Nennbetrages der Geschäftsanteile steht den überstimmten Mitgliedern als auch nicht anwesenden Genossenschaftern ein außerordentliches Kündigungsrecht zu. Bei einem Beschluss auf Herabsetzung der Haftung beispielsweise bei einer Änderung der unbeschränkten Haftung in eine beschränkte Haftung, oder bei Beschlüssen auf Herabsetzung des Nennbetrages der Geschäftsanteile ist ein Gläubigerschutz notwendig. Das Gesetz sieht für solche Fälle ein Aufgebotsverfahren, ein Verfahren ähnlich dem Kapitalherabsetzungsverfahren bei der Gesellschaft mit beschränkter Haftung, vor. Eine Firmenbucheintragung einer den Gegenstand des Unternehmens betreffenden Änderung des Genossenschaftsvertrages bezüglich eine einem Revisionsverband angehörigen Genossenschaft darf nur in den Fällen vorgenommen werden, in denen der Revisionsverband schriftlich seine Zustimmung erklärt hat.
Die Möglichkeit einer Klage auf Nichtigerklärung beziehungsweise auf Feststellung der Nichtigkeit von Generalversammlungsbeschlüssen ist im Gesetz nicht vorgesehen. Nach heutiger Ansicht werden aber rechtswidrige Beschlüsse als nichtig angesehen. Danach kann nach den allgemeinen Regeln eine Klage auf Feststellung des Bestehen oder auch Nichtbestehens allfälliger rechtswidriger und somit auch nichtiger Beschlüsse eingereicht werden. Dies kann von jedem, der ein rechtliches Interesse an der Feststellung nachweisen kann, durchgeführt werden, und bei Genossenschaftern als auch Organmitgliedern werden hierbei keine strengen Maßstäbe angelegt.
Die fakultativen Organe, also freiwillig eingesetzten Organ wie beispielsweise ein Beirat, können durch eine entsprechende Verankerung im Genossenschaftsvertrag eingerichtet werden. Durch das Gesetz ist vorgesehen, dass die Zustimmungsbefugnis für gewisse Geschäfte durch gesellschaftsvertragliche Anordnungen außer dem Aufsichtsrat oder der Generalversammlung auch einem etwaigen anderen Genossenschaftsorgan zukommen kann.