Der Kooperationsvertrag wird auch Konsortialvertrag genannt und regelt das Zusammenwirken von mehreren Partnern, die gegenüber einer anderen Person als einheitliche Gruppe auftreten. Im Kooperationsvertrag werden hauptsächlich die Rechte und Pflichten der Kooperationspartner untereinander, Arbeitsteilung, Konfliktlösungsmechanismen (wie Organe, Beschlussfassungen, Streitbeilegung), das geistige Eigentum und Erfindungen sowie deren Nutzung durch die Kooperationspartner vereinbart. Für die Hauptorganisation ist meist ein Koordinator verantwortlich. Kooperationsverträge werden sehr oft für die Durchführung von EU-Projekten abgeschlossen.
Der Kooperationsvertrag kann sowohl mündlich als auch schriftlich vereinbart werden, jedoch ist es empfehlenswert Verträge schriftlich abzuschließen, da diese als Beweis in Konfliktfällen herangezogen werden können. Der Konsortialvertrag hat das Ziel zu regeln, wer welche Leistungen zu erbringen hat, wer wofür verantwortlich ist, wie mit Mängeln gemeinsam erbrachte Leistungen umzugehen ist, wer welche Kosten übernimmt, wie Gewinne aufgeteilt werden, wer die Urheberschaft und Nutzungsrechte an den Leistungen hat sowie wer die Kooperationsgemeinschaft nach außen hin bzw. gegenüber den Kunden vertritt.
Ein Kooperationsvertrag sollte folgende Punkte enthalten: Anschrift der Partner, Ziele und Vertragsinhalte, Rechte und Pflichten der Partner, Ergebnisberechnung und Ergebnisverteilung, Regelungen bei Konflikten, Regelung zur Vertragsauflösung, Beginn und Dauer der Vereinbarung, welches Gericht bei Streitfällen zuständig ist, Ort, Datum und Unterschrift. In diesem Zusammenhang muss beachtet werden, dass Ergebnisverteilungen gewisse Regelungen für die Verteilung von Erträgen bzw. Verlusten sind.
Es ist ebenso erwähnenswert, dass die Projektpartner gemeinsam einvernehmlich über die Inhalte des Kooperationsvertrags entscheiden. Dieser Vertrag darf aber nicht gegen Bestimmungen des Fördervertrags mit der Europäischen Kommission verstoßen.