Das Gesetz sieht für Privatstiftung zwingend den Stiftungsvorstand und den Stiftungsprüfer als Organe vor. Darüber hinaus kann ein Aufsichtsrat einberufen werden. Die Bestellung eines Aufsichtsrates ist nur unter bestimmten Umständen zwingend. Es können noch weitere Organe bestimmt werden, um den Zweck der Stiftung zu wahren. Der Stiftungsvorstand besteht aus mindestens drei Mitgliedern. Zwei Mitglieder müssen ihren Aufenthalt im Gebiet der Europäischen Union haben bzw. im Gebiet des Europäischen Wirtschaftsraumes. Begünstigte und deren direkte Verwandte können nicht im Vorstand einer Privatstiftung tätig sein. Auch juristische Personen können keine Vorstandsmitglieder sein.
Der Stiftungsvorstand hat die Aufgabe das Vermögen der Stiftung zu verwalten. Dabei sind die Bestimmungen in der Stiftungserklärung zu beachten. Jedes Mitglied des Vorstandes hat die Aufgaben sparsam zu erfüllen. Es gilt der Sorgfaltsmaßstab eines gewissenhaften Geschäftsleiters. Jedes Mitglied haftet für Schäden, die es der Stiftung zufügt. Den Vorstandsmitgliedern steht für ihre Tätigkeit eine Vergütung zu. Sinnvoll ist es deren Höhe in der Stiftungserklärung zu verankern. Gesetzlich ist dies zwar nicht vorgeschrieben, Streitfälle könnten jedoch dadurch vermieden werden. Für den Fall, dass in der Stiftungserklärung darüber keine Regelung getroffen wurde steht jedem Vorstandsmitglied eine angemessene Vergütung zu. Der Stiftungsprüfer ist vom Gericht zu bestellen.
Ist für die Privatstiftung ein Aufsichtsrat bestellt, so hat dieser den Stiftungsprüfer zu bestellen. Zum Stiftungsprüfer dürfen nur beeidete Wirtschafts- und Steuerprüfer bestellt werden. Die Aufgabe des Stiftungsprüfers ist es den Jahresabschluss zu prüfen. Darüber hinaus kommt ihm ein Prüfungsrecht hinsichtlich der Buchführung und des Lageberichts zu. Treten zwischen dem Prüfer und anderen Organen der Stiftung Meinungsverschiedenheiten auf, so hat das Gericht darüber zu entscheiden. Die Errichtung eines Aufsichtsrates ist gesetzlich vorgeschrieben, wenn die Anzahl der Arbeitnehmer der Privatstiftung dreihundert übersteigt. Gleiches gilt, wenn die Privatstiftung zu mehr als 50 Prozent an Anteilen an einer Kapitalgesellschaft oder Genossenschaft besitzt. Ebenso, wenn sie eine solche betreibt. Der Aufsichtsrat muss aus mindestens drei natürlichen Personen bestehen.
Nicht erlaubt ist, dass Personen, die im Vorstand tätig sind, zugleich dem Aufsichtsrat angehören. Ist jemand bereits in zehn Privatstiftungen tätig, kann er bzw. sie nicht Mitglied in einem Aufsichtsrat einer weiteren sein. Der erste Aufsichtsrat wird vom Stifter bestellt, die weiteren vom Gericht. Liegen die Voraussetzungen für die Errichtung eines Aufsichtsrates nicht mehr vor, so ist dieser abzuberufen. Das ist etwa der Fall, wenn die Zahl der Arbeitnehmer auf unter 300 sinkt. Dem Aufsichtsrat kommt die Aufgabe zu, die Geschäftsführung des Vorstandes zu überprüfen. Bei manchen Rechtsgeschäften muss der Aufsichtsrat zustimmen, damit sie gültig sind.