Das besondere bei der nichtselbständigen Arbeit ist, dass zwar der Arbeitnehmer der Steuerschuldner ist. Die Steuer ist aber vom Arbeitgeber beim zuständigen Finanzamt abzuführen. Für Fehler in der Steuererklärung haftet der Arbeitgeber. Der Dienstgeber zieht die Steuer vom Lohn ab. Hat der Arbeitnehmer noch andere Einkunftsquellen, so muss er diese selbst veranlagen. Der Dienstgeber ist nur für die Abgaben zuständig, die ihren Ursprung im Dienstverhältnis haben. Personen, die neben der unselbständigen Tätigkeit auch andere Einkünfte aus selbständiger Arbeit haben, sollten beachten, dass die Einkünfte zusammengerechnet werden. Es kann unter Umständen vorkommen, dass man in einen höheren Steuertarif eingeordnet wird. Der Arbeitnehmer kann beim Finanzamt einen Freibetragsbescheid beantragen. Darin werden die Sonderausgaben, außergewöhnlichen Belastungen und bestimmte Werbungskosten berücksichtigt. Diesen Freibetragsbescheid kann der Arbeitnehmer dann dem Arbeitgeber vorlegen. Der Dienstgeber hat die Angaben in dem Bescheid zu beachten. Das Lohnkonto muss dementsprechend geführt werden.
Neben dem Arbeitslohn gibt es noch andere Bezüge bzw. Vergünstigungen, die ein Arbeitnehmer erhält. Die sonstigen Bezüge sind generell steuerfrei, wenn sie den Betrag von Euro 620,- im Jahr nicht übersteigen. Bis zu einem Jahressechstel sind die Bezüge mit einem Steuersatz von sechs Prozent zu bemessen. Über dem Jahressechstel mit dem Normalsteuertarif. Für Abfertigungen gilt diese Regelung nicht. Diese werden immer mit einem festen Steuersatz von sechs Prozent besteuert. Für freiwillige Abfertigungen gilt das gleiche, wie für die gesetzlichen. Zahlungen für Verbesserungsvorschläge werden in der Höhe von sechs Prozent besteuert. Prämien für Diensterfindungen unterliegen dem selben Steuersatz. Schmutz-, Erschwernis- und Gefahrenzulagen sind bis zu einem Betrag von Euro 360,- pro Monat steuerfrei. Das gleiche gilt für Zuschläge für Sonn- und Feiertagsdienste und die Nachtarbeit. Überstundenzuschläge, die in Zusammenhang mit einer der vorigen Zulagen stehen, sind mitzuberechnen. Zusätzlich sind Zuschläge für die ersten zehn Überstunden im Monat im Ausmaß von höchstens 50 Prozent des Grundlohnes steuerfrei. Die Steuerbefreiung ist nach oben bis Euro 86,- monatlich begrenzt.
Hat ein Arbeitnehmer neben seinem Lohn noch andere Einkünfte, so sind diese bis zu einem Betrag von Euro 730,- steuerfrei. Übersteigen die Einkünfte die Grenze, so hat der Dienstnehmer seine Steuern zu veranlagen. Das bedeutet er muss mittels Formular eine Steuererklärung beim Finanzamt einreichen. Kommt man dieser Verpflichtung nicht nach, kann man sich unter Umständen finanzrechtlich strafbar machen. Eine Arbeitnehmerveranlagung kann man aber auch beantragen, wenn man der Ansicht ist, man habe zu viel Steuern gezahlt. Vor allem für Studenten, die nur in den Ferien arbeiten ist dies interessant. Diese können einen Lohnsteuerausgleich beim Finanzamt beantragen. Liegen ihre Einkünfte aus den Dienstverhältnissen unter der steuerpflichtigen Grenze, so bekommen sie die vorausbezahlte Lohnsteuer vom Finanzamt zurück. Ähnlich ist es bei der Geltendmachung von außergewöhnlichen Belastungen usw.
Die Berechnung der Höhe der Lohnsteuer ist nicht anders als nach der allgemeinen Berechnung. Besteuert wird nur das Einkommen. Das bedeutet eine Nettogröße. Von den gesamten Einkünften aus dem Arbeitsverhältnis sind die außergewöhnlichen Belastungen, Verluste und Freibeträge abzuziehen.